1958年9月西安铁路中心医院成立隶属西安铁路局

1984年10月西安铁路局归并郑州铁路局易名为郑州铁路局西安中心医院，隶属郑州铁路局

1995年12月通过三级甲等医院评审成为首批国家卫生部命名的三级甲等医院

2005年9月由铁路系统整建制移交到西安市政府隶属西安市卫生局

2007年2月更名为西安市铁路中心医院

2009年8月更名为西安市第九医院（西安市铁路中心医院）

2010年4月挂牌成为西安交通大学医学院非直属附属医院

2010年6月通过陕西省卫计委三级甲等医院复审

2016年9月再次通过陕西省卫计委三级甲等医院复审

2017年10月获批国家住院医师规范化培训基地

2018年3月成为延安大学研究生联合培养基地

2019年获批中华医学会“临床药师培训基地”

2019年获批西安医学院研究生联合培养基地

2020年成为“国家标准化代谢性疾病管理中心（MMC）”分中心

2020年10月隆重举行整体改扩建项目奠基仪式

2020年11月成为2020年第二批高级卒中中心建设单位