1958年9月，西安铁路中心医院成立隶属西安铁路局

1984年10月，西安铁路局归并郑州铁路局更名为郑州铁路局西安中心医院，隶属郑州铁路局

1995年12月，成为首批国家卫生部命名的三级甲等医院

2005年9月，由铁路系统整建制移交到西安市人民政府隶属西安市卫生局

2007年2月，更名为西安市铁路中心医院

2009年8月，更名为西安市第九医院（西安市铁路中心医院）

2010年4月，成为西安交通大学医学院非直属附属医院

2016年9月，通过陕西省卫计委三级甲等医院复审

2017年10月，获批国家住院医师规范化培训基地

2018年3月，成为延安大学研究生联合培养基地

2019年，成为西安医学院研究生联合培养基地

2023年7月，医院新住院大楼启用